中医基础理论学科于1993年确立为国家中医药管理局重点学科，2001年成为教育部重点学科，是我校“211工程”重点建设项目。本学科是第一批中医学硕士、博士学位授权点，已建立博士后流动站。国家973计划中医药专项首席科学家、国医大师、北京中医药大学终生教授王琦为学科带头人，翟双庆教授、孟庆刚教授为后备学科带头人。在本学科的建设和发展过程中，任应秋教授、王洪图教授、程士德教授、烟建华教授、刘燕池教授等作出了积极贡献。本团队共42人，其中教授22人，副教授10人，讲师10人，具有博士学位30人，硕士学位8人。近5年来，共承担课题120项,其中科研课题101项（国家级课题38项，省部级课题29项，校级34项）、教育课题19项（国家级课题1项，省部级课题6项，校级13项）。近5年获国家级成果奖励2项（1项教学、1项科研），省部级成果奖励11项。 近5年编写的教材有《中医基础理论》《内经选读》《内经讲义》《难经理论与实践》《中医未病学》《亚健康的中医体质辨识与调理》等。

　　王琦，中医基础理论国家级重点学科带头人。著名中医学家，1943年出生，江苏高邮人，中国中医研究院首届研究生毕业。北京中医药大学教授，博士研究生导师，国家级重点学科中医基础理论学科带头人，国家人事部、卫生部、国家中医药管理局遴选的“全国500名老中医”之一，国务院授予国家有突出贡献专家。北京中医药大学学术委员会委员，中华中医药学会常务理事、体质分会主任委员，中华医学会医疗事故技术鉴定专家，国家科学名词中医药名词审定委员会委员，国家自然科学基金评审专家，《中国大百科全书·中医卷》副主编，英国皇家医学会会员，国家“十五”“211”中医体质学建设项目负责人，国家重点基础研究发展计划（973计划）中医基础理论整理与创新研究项目专家组成员及课题负责人。